PRONI Brčko se finansira uglavnom od međunarodnih i lokalnih donatora i institucija. PRONI je razvio funkcionalne finansijske procedure, a revizorski izvještaji potvrđuju da finansije PRONI Centra poštuju međunarodne standarde finansijskih postupaka, kao i lokalne standarde i zakone. Takođe, PRONI ima svoj finansijski zakon koji zaposlenici moraju poštivati.
